面向国际的生命组学大数据管理体系建设

赵文明; 张思思; 唐碧霞; 陈婷婷; 郝丽丽; 桑健; 李茹姣; 肖景发; 章张

doi:10.11959/j.issn.2096-0271.2016065

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面向国际的生命组学大数据管理体系建设

专题：科学数据与创新应用 | 更新时间：2024-06-03

- 面向国际的生命组学大数据管理体系建设
- Constructing the international database management system for omics big data
- 大数据 2016年2卷第6期页码：2016065
- 作者机构：
- 作者简介：
  
  [ "赵文明（1977-），男，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心高级工程师，主要研究方向为生物组学大数据整合与挖掘、高性能计算。" ]
  [ "张思思（1985-），女，博士，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心工程师，主要研究方向为组学大数据整合与审编。" ]
  [ "唐碧霞（1984-），女，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心工程师，主要研究方向为三维基因组的可视化。" ]
  [ "陈婷婷（1986-），女，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心工程师，主要研究方向为组学大数据整合与审编。" ]
  [ "郝丽丽（1983-），女，博士，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心助理研究员，主要研究方向为转录组数据整合与挖掘分析。" ]
  [ "桑健（1989-），男，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心博士生，主要研究方向为组学大数据整合与挖掘。" ]
  [ "李茹姣（1976-），女，博士，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心高级工程师，主要研究方向为表观遗传学相关大数据整合和深度挖掘。" ]
  [ "肖景发（1973-），男，博士，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心研究员，主要研究方向为生命与健康相关组学大数据整合和深度挖掘。" ]
  [ "章张（1980-），男，博士，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心研究员，主要研究方向为分子进化建模和选择压力检测、序列组分建模分析。" ]
- 基金信息：
  
  中国科学院先导基金资助项目;Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of Sciences(XDB13040500);中国科学院先导基金资助项目;Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of Sciences(XDA08020102);国家高技术研究发展计划（“863”计划）基金资助项目;The National High Technology Research and Development Program of China(863 Program)(2015AA020108);中国科学院关键技术人才基金资助项目;Key Technology Talent Program of the Chinese Academy of Sciences
- DOI：10.11959/j.issn.2096-0271.2016065
  中图分类号： Q-9
- 网络首发：2016-11，
  
  纸质出版：2016-11-20
- 稿件说明：
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赵文明, 张思思, 唐碧霞, 等. 面向国际的生命组学大数据管理体系建设[J]. 大数据, 2016,2(6):2016065.

Wenming ZHAO, Sisi ZHANG, Bixia TANG, et al. Constructing the international database management system for omics big data[J]. Big data research, 2016, 2(6): 2016065.
赵文明, 张思思, 唐碧霞, 等. 面向国际的生命组学大数据管理体系建设[J]. 大数据, 2016,2(6):2016065. DOI： 10.11959/j.issn.2096-0271.2016065.

Wenming ZHAO, Sisi ZHANG, Bixia TANG, et al. Constructing the international database management system for omics big data[J]. Big data research, 2016, 2(6): 2016065. DOI： 10.11959/j.issn.2096-0271.2016065.

摘要

组学数据是生命科学研究中的一类极其重要的大数据，特别是二代测序技术的发展推动了组学大数据的爆炸式增长。通过借鉴国际数据中心建设的成功经验，分析国内组学产出数据及数据库建设、数据管理现状及应用需求，构建了面向国际的生命组学大数据管理体系，涵盖组学原始序列归档库、基因组序列数据库、基因表达数据库、基因组变异数据库、DNA甲基化数据库系统等，初步形成中国组学数据资源的存储、共享与应用体系。

Abstract

Omics data are the important elements of the biosciences

in recent years

with the rapid progress of the next generation sequencing (NGS) technology

the omics data show the explosive increasement.Drawing on the successful experiences from the international data centers

and considering the domestic requirements

lots of databases including genome sequencing archive

genome warehouse

gene expression nebulas

genome variation map

DNA methylation databank were constructed.These databases constitute the domestic omics data resources and provide the free service for all the scientists for the data storing

sharing and management.

关键词

Keywords

references

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